XX a. II dešimtetyje Lietuvos ir Lenkijos karinio konfliko metu, 1919 m. ppavasarį Lenkija okupavo rytinę Lie­tuvą. Kirdeikiai ir jų apylinkės atsidūrė neutralioje zonoje. Kir­deikiuose tuo metu bažnyčios nebuvo - gyvenvietė ir apylinkės pri­klausė Linkmenų parapijai,kuri, nubrėžus demarkacijos li­niją, padalinta į dvi dalis. Lin­kmenų parapijoje tuo metu tikin­čiuosius aptarnaudavo klebonas Juozas Breiva (1891–1939 m.), kuris neapleido ir atskirtų Kirdei­kių parapijiečių. Susisiekimas per demarka­cijos liniją darėsi neįmanomas. Tikintieji iš Kirdeikių į Linkmenų bažnyčią galėjo ateiti tik su leidi­mais ir tik sekmadieniais. Okupacinė valdžia 1925 m. iškėlė bylą Linkmenų klebonui Juozui Breivai už kultūrinę lietuvišką veiklą. Jis pasitraukė į Kirdeikius, apsigyveno Jono Paukštės namuose, kur lai­kydavo šv. Mišias ir ir pradėjo rūpintis bažnyčios statyba.  Nuspręsta įsteigti atskirą – Kir­deikių – parapiją. Lietuvos valdžia naujos bažnyčios statybai skyrė nemoka­mos miško medžiagos, 35 tūkst. litų piniginę paramą, o parapi­jos klebonui - žemės. Darbus pri­žiūrint inžinieriui Litui iš Utenos, Kirdeikių Šv. Jono Krikštytojo bažny­čia pastatyta per dvejus metus –  statybos darbai baigti 1927 m. Tais pačiais metais vyskupas Juozapas Kukta bažnyčią konsekravo.

Bažnyčia istoristinė (vyrauja gotikos elementų imitacija), su trisiene apside ir priestatais prie jos, 2 bokštais. Vidus 3 navų, atskirtų kolonomis. Yra trys neogotikinio stiliaus altoriai: pagrindinis ir du šoniniai. 2009 m. altoriai ir sakykla buvo restauruoti ir naujai paauksuoti.  Šventoriaus tvoros pamatas akmeninis su iškilusiomis kolonėlėmis, kurias jungia vietinio kalvio nukalti ažūriniai elementai (tvorelės), vartai taip pat metaliniai. Viename iš bažnyčios bokštų (varpinėje) kabo du varpai. Didysis „Benediktas“ nulietas 1930 m. Varpas pakrikštytas jo fundatoriaus Benedikto Kindurio vardu (kitur minima, kad fundatorius buvo Benediktas Paukštė). Mažasis varpas su lotyniškais įrašais, nulietas XVIII a. Varpas pakrikštytas kaimo gerbiamo žmogaus Jono Maciulevičiaus. Virš apsidės esančiame bokštelyje kabo dar vienas nedidelis varpas.

Apie Kirdeikių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčią www.sakralilietuva.lt svetainėje

Apie Kirdeikių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios vargonus